Курсы по программированию

Как вариант - из двух программ сделать одну, а затем автоматический переход курсора на игровое поле и начало кликания по нему.

ну этож читерская прога,обьединять ее с другой прогой уже не пойдет))

Тыф можешь сделать запуск кликов не сразу, а через пару секунд после нажатия "старт".

Событие при потере фокуса окна как вариант. Или запустить таймер и в нем отлавливать события. Мне удобнее было клавиши использовать. Все в ваших руках.
[DllImport("user32.dll", CharSet = CharSet.Auto, ExactSpelling = true)]
        private static extern short GetAsyncKeyState(System.Windows.Forms.Keys vKey);

lButtonBut = Convert.ToInt32(GetAsyncKeyState(Keys.LButton).ToString());
            rButtonBut = Convert.ToInt32(GetAsyncKeyState(Keys.RButton).ToString());
            escapeBut = Convert.ToInt32(GetAsyncKeyState(Keys.Escape).ToString());
            pBut = Convert.ToInt32(GetAsyncKeyState(Keys.P).ToString());
            sBut = Convert.ToInt32(GetAsyncKeyState(Keys.S).ToString());
if (rButtonBut != 0)
                    {
                        //тут можно немного поспать или остановить проверку     
                            Thread.Sleep(500);
                    }

Ну так сделай проверку первого клика, к примеру: кликаешь по кнопке начала клика и следующий клик будет означать начало кликания бота (итог: кликнул по началу, навёл мышку куда надо, кликнул и он сам попёр кликать)